Τα Ακαδημαϊκά Τμήματα ένας πρωτοποριακός θεσμός του Κολλεγίου Αθηνών. Ως έργο τους έχουν όχι μόνο τον προγραμματισμό και συντονισμό της διδασκαλίας, αλλά και την προώθηση και επίτευξη των υψηλών εκπαιδευτικών στόχων του Κολλεγίου. Οι διδάσκοντες στο Λύκειο ανάλογα με τις ειδικότητές τους απαρτίζουν τα Ακαδημαϊκά Τμήματα.

Κύριο έργο του κάθε Ακαδημαϊκού Τμήματος είναι εισήγηση προς τη Διεύθυνση προτάσεων ακαδημαϊκού και παιδαγωγικού χαρακτήρα για την καλύτερη πραγματοποίηση των στοχών στου μαθήματος. Πιο συγκεκριμένα υπό την προεδρία του Προϊσταμένου του Τμήματος συνεδριάζει σε καθορισμένα διαστήματα και αποφασίζει μεταξύ άλλων για:

• το περιεχόμενο, την πορεία και τις διδακτικές μεθόδους του κάθε μαθήματος
• τη δημιουργία και εφαρμογή πειραματικών προγραμμάτων
• τους συντονιστές των μαθημάτων κατά τάξη
• το συντονισμό των σχολικών μονάδων
• την πορεία της διδακτέας ύλης
• την έκδοση εντύπων ως υποστηρικτικού ή πρόσθετου υλικού
• την επιμόρφωση των εκπαιδευτικών

Στο Κολλέγιο Αθηνών λειτουργούν κοινά για Γυμνάσιο και Λύκειο ακαδημαϊκά τμήματα. Τα Ενιαία Ακαδημαϊκά Τμήματα απαρτίζονται από διδάσκοντες του Γυμνασίου και Λυκείου και είναι τα ακόλουθα: